Jaringan ini kadang-kadang dianggap memiliki perspektif yang terlalu Islamis, mempromosikan Ikhwanul Muslimin, dan memiliki pandangan bias yang pro-Sunni dan anti-Syiah dalam pelaporannya tentang isu-isu regional. Namun, Al Jazeera bersikeras bahwa itu mencakup semua sisi perdebatan berdasarkan sudut pandang dari berbagai pihak.
Pada Juni 2017, pemerintah Saudi, Emirati, Bahrain, dan Mesir menuntut penutupan stasiun berita sebagai salah satu dari tiga belas tuntutan yang dibuat ke Qatar selama Krisis Qatar 2017. Jaringan media lain telah berbicara mendukung jaringan. Menurut majalah The Atlantic, Al Jazeera menyajikan wajah yang jauh lebih moderat, kebarat-baratan ketimbang jihadisme Islam atau ortodoksi Sunni yang kaku.